Secara historis Fakultas Syariah IAIN Manado merupakan bentuk filial dari IAIN Alauddin Ujung Pandang di Manado. Pada tahun 1983, beberapa pemuka Islam di Manado mendirikan sebuah lembaga Pendidikan Tinggi Islam yaitu Institut Agama Islam (IAI) Sulawesi Utara dengan jurusan Tarbiyah. IAI tersebut berkantor di kantor lama dari Departermen Agama Kota Manado dan menggunakan kelas Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) Manado yang sekarang MAN Model di Kelurahan Islam Kecamatan Manado Utara. Cikal bakal berdirinya IAI Sulawesi Utara tersebut sehingga lahirlah Fakultas Syariah IAIN Alauddin Ujung Pandang di Manado dengan Jurusan Peradilan Agama. Fakultas tersebut dipimpin oleh Dekan Drs. Idris Yakub.
Kemudian Pada tahun 1988 didirikannya Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Alauddin Ujung Pandang di Manado. Lembaga tersebut dijadikan sebagai filial dari Fakultas Syariah IAIN Alauddin Makassar yang sekarang ini sudah menjadi UIN Makassar. Sejak tahun 1994 Fakultas Syariah IAIN Alauddin Ujung Pandang di Manado mempunyai kampus permanen di Kelurahan Perkamil Kecamatan Paal Dua Kota Manado. Sesuai Keputusan Presiden nomor 11 tahun 1997 tentang pendirian STAIN, Keputusan Menteri Agama Nomor 297 tahun 1997 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja STAIN Manado dan Keputusan Dirjen Pembinaan Kelembagaan Agama Islam nomor E/136/1997 tentang Alih Status dari Fakultas Syariah menjadi STAIN, maka secara resmi berdirilah Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Manado yang secara otomatis telah spin off dari IAIN Alauddin Ujung Pandang dan sejak itu pula STAIN Manado menjadi satu perguruan tinggi Islam Negeri di Sulawesi Utara.
STAIN Manado memiliki dua jurusan yaitu Jurusan Syariah dan Jurusan Tarbiyah. Jurusan Syariah memiliki dua program studi berdasarkan SK Dirjen Pendis nomor Dj.I/2191/2007 yaitu Akhwal Syaksiyah dan Program Studi Muamalah. Sedangkan Jurusan Tarbiyah hanya memiliki satu program studi, yaitu Pendidikan Agama Islam. Setelah berjalan lebih dari 17 tahun, pada bulan Oktober tahun 2014 STAIN Manado bertransformasi menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Manado berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 147 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Manado menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Manado yang kemudian diresmikan pada bulan Maret 2015 oleh Menteri Agama. Dengan perubahan tersebut, maka IAIN Manado memiliki 4 (empat) Fakultas yang salah satunya adalah Fakultas Syariah yang memiliki dua prodi yaitu Ahwal al-Syaksiyah dan Hukum Ekonomi Syariah. Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam nomor 2734 tahun 2016 tentang penyesuaian nomenklatur program studi pada IAIN Manado Tahun 2016 maka prodi Ekonomi Islam berubah menjadi Hukum Ekonomi Syariah (Muamalah). Prodi Hukum Ekonomi Syariah (HES) terakreditasi BAIK SEKALI berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor: 799/SK/BAN-PT/Ak.KP/S/III/2024. Prodi Hukum Keluarga terakreditasi B berdasarkan SK BAN-PT Nomor 2020/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/III/2020.